28 января 1725 года, император Петр скончался в Петербурге. Ему было 52 года.
В конце 1724 года Петр, уже сильно болевший, отправился на Ладожский канал. Он строился по задумке императора, который еще в 1718 году констатировал, что на Ладожском озере «великий убыток чинится от худых судов», и что «одним сим летом с тысячу судов пропало».
Длина канала вдоль берега озера была более сотни километров. Он строился, чтобы увеличить объемы торговли с Европой — Петр хотел, чтобы в Петербург доставлялось как можно больше товаров.
Лейб-медик Лаврентий Блюментрост настаивал, чтобы царь не совершал это путешествие, но остановить Петра было невозможно. Тем более осенью здоровье его как будто стало лучше. Из Олонца император переместился в Старую Руссу, откуда водой — через Ильмень, по Волхову, Ладоге и Неве — направился в Петербург. Там он поучаствовал в спасении бота с солдатами, севшего на мель. Царь сам стоял по пояс в воде, сталкивая бот с отмели.
Очевидно, стояние в ледяной воде способствовало стремительному развитию болезни. Медики Ленинградской военно-медицинской академии, изучавшие историю болезни Петра, сделали вывод, что причиной смерти стало воспаление язвы в мочеиспускательном канале.
«27 января, — писал Александр Пушкин в «Истории Петра I», — присутствующие начали с ним прощаться. Он приветствовал всех тихим взором. Потом произнес с усилием: «После…» Все вышли, повинуясь в последний раз его воле. Он уже не сказал ничего. 15 часов мучился он, стонал, беспрерывно дергая правую свою руку, левая была уже в параличе. Петр перестал стонать, дыхание остановилось — в 6 часов утра 28 января Петр умер на руках Екатерины».
Петр не оставил завещания, кому он наследует престол. Елена Кальницкая, генеральный директор музея «Петергоф» и глава Ассамблеи петровских музеев прокомментировала это так: «Они жили с Екатериной довольно хорошо, весело, дружно, и Петр ее очень любил. И узнав, причем случайно, о ее многолетней связи с Виллимом Монсом, он поступил жесточайшим образом — отрубив Монсу голову, показал ее Екатерине. Вот с этого момента для Петра рухнуло все. Екатерина во всем поддерживала Петра, и вдруг такая история. Так что я понимаю, почему он ушел без наследника. Произнеся «отдайте все…», ему нечего было сказать дальше. Не было возле Петра I человека, которому он бы мог доверять…»
53-летний Романов скончался в Зимнем дворце, в тесной комнатке-конторке своем Зимнем дворце у Зимней канавки, откуда потом с трудом вынесли его могучее двухметровое тело. После вскрытия царя обрядили в мундир и уложили в гроб, длиной в косую сажень (216 см). Тело было выставлено для прощания в парадной «Печальной зале» Зимнего дворца, где простояло ровно 42 дня. Перед этим медиками и сподвижником Петра Яковом Брюсом было произведено вскрытие тела и бальзамирование. Только 8 марта 1725 года император в сопровождении траурного кортежа отправился в свой последний путь — в Петропавловскую крепость
, которая еще строилась. Петр стал первым из династии Романовых, кто был перенесен сюда, ведь именно он перенес и столицу из Москвы в Петербург. Прежде и Романовых, и Рюриковичей хоронили в Архангельском соборе Московского Кремля. В этот день стоял трескучий мороз и шел снег, но императрица Екатерина I весь путь преодолела за гробом пешком.
Но погребение императора Петра Великого состоялось только почти через шесть лет после его кончины. Почему так произошло? Генерал-фельдмаршал Яков Брюс, которого считали «чернокнижником» и колдуном, был человеком науки, причем одним из наиболее просвещенных в свое время. Известно, что в сверхъестественные силы он не верил, предпочитая объяснять все с точки зрения логики и науки. Однажды, осматривая с царем мощи какого-то святого в соборе, Яков Брюс, в ответ на восторги Петра, пораженного отлично сохранившимися останками, прочитал целую лекцию. Ученый вельможа сообщил государю и другу о том, что в чуде виновна не святость старца, а сухой воздух, воздержание при жизни и мастерство бальзамировщика. Возможно, именно тогда царь и изъявил желание быть забальзамированным после смерти, но точно это неизвестно. Как бы там ни было, но Брюс отобрал помощников и лично занялся обработкой тела императора. Дело это было для России новое и поэтому спешить Яков Вилимович не хотел.
Параллельно недюжинный ум Брюса был занят и другими важными вопросами, связанными со смертью Петра. Тело после бальзамирования нужно было где-то достойно хранить, а для этого следовало построить мавзолей. Современники писали, что в первый же год после кончины государя недалеко от Петропавловского собора было заложено монументальное сооружение, для которого привозили издалека лучшие сорта гранита.
Последнее упоминание об усыпальнице Петра I относится к 1731 году. Его видели иностранные послы, но все как один утверждали, что саркофага с телом царя внутри не было. Не появлялся более на строительстве и сам Брюс — его отправили в отставку в 1726 году, едва он закончил заниматься телом Петра. Якова Брюса, масона и колдуна, обладавшего при жизни Петра I огромной властью, боялись и ненавидели, поэтому поспешили от него избавиться. Генерал-фельдмаршал удалился в свое имение Глинка под Москвой, где полностью посвятил себя научным опытам и чтению книг.
Тем не менее, и тело Екатерины I, которая взошла на престол после смерти мужа и скончалась в 1727 году, было забальзамировано уже опытными специалистами по рецепту того же Брюса. Тело государыни было помещено в гроб и заняло место в Петропавловском соборе возле гроба супруга.
В 1729 году на престол взошла племянница Петра I Анна Иоанновна, которая через два года обратила внимание, что царская чета так и находится в приделе собора без погребения. Императрица была далека от масонских веяний и тем более науки. Она приняла решение быстро — строительство мавзолея свернуть, а Петра и Екатерину похоронить по православному обряду. Так и сделали: император с императрицей были похоронены в соборе у южной стены, как раз напротив алтаря. В 1760-х годах на захоронении появились достойные монархов надгробия.